当时高祖正泛舟海池，李世民派尉迟敬德入宫守卫，尉迟敬德穿着盔甲，手执长矛，径直来到高祖所在的地方。高祖大惊，问：“今日作乱的是谁？你来这里做什么？”尉迟敬德答道：“秦王因为太子、齐王叛乱，起兵诛杀了他们，秦王担心惊动陛下，所以派臣宿卫。”高祖对裴寂等人说：“想不到今日会看到这样的事，现在应该怎么做呢？”萧瑀、陈叔达说：“建成、元吉本来没有参与起兵之事，又没有大功于天下，忌惮秦王功高望重，所以共同阴谋杀害秦王，如今秦王既然已经讨伐诛杀了二人，加上秦王功盖宇宙，天下归心，如果陛下立他为太子，将政务交托给他，自然太平无事。”高祖说：“好！这正是我一直以来的想法。”当时宫廷宿卫、秦府兵和东宫以及齐府的将士仍在激战不已，尉迟敬德请高祖降下手敕，下令诸军都由秦王统领，高祖答应了。天策府司马宇文士及从东上閤门出宣诏书，然后局势渐渐平息下来。高祖又派黄门侍郎裴矩到东宫晓谕将士，将他们罢兵解散。高祖于是召见李世民，安慰他说：“近来几乎因为相信流言而错疑了你。”李世民跪下来抱住高祖，放声痛哭了很久。

建成子安陆王承道、河东王承德、武安王承训、汝南王承明、钜鹿王承义，元吉子梁郡王承业、渔阳王承鸾、普安王承奖、江夏王承裕、义阳王承度，皆坐诛，仍绝属籍。

李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，都因为受到牵连而被杀，被革除宗室的身份。

初，建成许元吉以正位之后，立为太弟，故元吉为之尽死。诸将欲尽诛建成、元吉左右百余人，籍没其家，尉迟敬德固争曰：“罪在二凶，既伏其诛；若及支党，非所以求安也。”乃止。是日，下诏赦天下。凶逆之罪，止于建成、元吉，自余党与，一无所问。其僧、尼、道士、女冠并宜依旧。国家庶事，皆取秦王处分。

籍没：登记并没收家产。

原先李建成答应李元吉，自己即位之后，立他为皇太弟，因此李元吉为之效死力。秦王诸将想要将李建成、李元吉手下百余人全部杀掉，查抄家产。尉迟敬德坚持说：“这只是他们两个人的罪，如今已经伏诛；如果牵连过广，就不是殿下求安定天下的本愿了。”秦王接受了他的建议不再追究。当天下诏大赦天下。表示凶逆之罪，止于李建成、李元吉，其余党羽一概不问。那些僧、尼、道士、女冠如旧。国家大事都由秦王处分。

癸亥，立世民为皇太子。又诏：“自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后闻奏。”

癸亥，高祖立李世民为皇太子。又下诏说：“自今以后军国事务无论大小都交给太子处决，然后上奏。”

臣光曰：立嫡以长，礼之正也。然高祖所以有天下，皆太宗之功；隐太子以庸劣居其右，地嫌势逼，必不相容。向使高祖有文王之明，隐太子有泰伯之贤，太宗有子臧之节，则乱何自而生矣！既不能然，太宗始欲俟其先发，然后应之，如此，则事非获已，犹为愈也。既而为群下所迫，遂至蹀血禁门，推刃同气，贻讥千古，惜哉！夫创业垂统之君，子孙之所仪刑也，彼中、明、肃、代之传继，得非有所指拟以为口实乎！